故事发生在二战期间，1944年的西班牙仍然笼罩在佛朗哥法西斯独裁政权和内战狼烟阴霾下，军队四处搜捕、屠杀共产党员和民主人士。12岁的奥菲丽娅（伊万娜·巴克尔诺）随身怀六甲的母亲卡门去北部与继父维达（塞吉·洛佩兹）会合。维达的真正身份其实是负责在西班牙北部镇压、逮捕当地游击队的法西斯军官，接卡门母女同住与其说是共享天伦还不如说只是要监视卡门把属于他的骨肉生下来，维达唯一的乐趣是研究各种刑具来折磨残害被抓来的异见人士。 眼看着冷酷的继父和其党羽每日做恶还以此为乐，母亲又患病在床，被孤独感和目睹暴行的痛苦困绕的奥菲丽娅开始沉浸在自己的幻想中聊以自慰。一天奥菲丽娅和自己玩的时候被一只蜻蜓一样的精灵吸引了，她跟着精灵竟在军队总部的地下发现了一个神秘的迷宫，而迷宫的守门人-长着山羊犄角和透明眼珠的半兽人（道格·琼斯）正在等待她的到来，幻想中的秘境原来确实存在。 长得象潘神的半兽人告诉奥菲丽娅她其实是一个地下王国走失的公主，要重回她的王国奥菲丽娅必须在迷宫接受三个挑战。在奥菲丽娅接过挑战任务的时候，继父也在地上加紧了更疯狂的扫荡攻势。地上地下，与恶梦的斗争模糊了幻想与现实的界限。